福建医科大学图书馆现由三部分组成:尚洁校区图书馆、台江校区图书馆、四所附属医院(第一附属医院、第二附属医院、协和附属医院、口腔附属医院)的分馆，总建筑面积28000平方米，藏书150万册。其中，792，000件为纸质收藏，958，000件为数字收藏。以现代医学和生物学为主要学科，人文社会科学为辅助学科，形成了具有自身特色的收藏体系。福建医科大学图书馆内部管理机构设有办公室、采编部门、流通部门、期刊检索部门、技术部门、医学文献检索教研室、影像技术部门等部门。图书馆为所有读者(包括附属医院的读者)提供数字文档