上海中医药大学图书馆有两个面积超过170平方米的特殊古籍书库。其中古籍36663册，其中珍本1110册，古籍6196册藏书主要由元明清时期与中医相关的版本和抄本组成，包括同一时期日本和朝鲜的各种版本，以及民国时期各中医院校的中医书籍和教材。目前，上海中医药大学图书馆设有借阅部、报纸阅览室、图书阅览室、多媒体阅览室和古籍阅览室等开放借阅部和办公室，资源建设部、流通阅览部、信息技术部、技术服务部、文献信息教研室等服务部门。总共有100多万册文件。图书馆有952个阅读座位，周一至周日完全开放，每周开放时间为89